Фамилия Букина чаще всего происходит от древнетюркского мужского имени Бука (или Буга), что означает «бык». В старину у многих народов было принято давать детям «животные» имена: считалось, что так природа признает ребенка своим, а сам он перенимает качества зверя — в данном случае физическую силу и выносливость. Эта версия считается основной, потому что тюркские имена были широко распространены на Руси, особенно в южных и восточных регионах.

Менее вероятно, что фамилия имеет чисто славянские корни. По второй версии, её основа — прозвище Бука, которое на Руси давали нелюдимому, угрюмому и неразговорчивому человеку. Такое прозвище прямо указывало на особенности поведения предка. Третья версия связывает фамилию с дохристианским охранительным именем Бука — так называли страшилище, которым пугали детей. Родители могли наречь ребенка Букой, чтобы отвлечь от него злых духов: считалось, что имя, означающее «нечто страшное», отпугнет настоящую беду.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Букин, то есть сын или потомок Буки. Ударение в фамилии падает на второй слог — Бу́кина.

Среди известных носителей — российский биохимик Василий Николаевич Букин (1899–1979), член-корреспондент АН СССР. Его научные работы были посвящены биосинтезу витаминов и их роли в обмене веществ.