Фамилия Букины в своей основе, скорее всего, имеет древнетюркские корни. Исходным для неё стало мужское имя Бука (или Буга), которое переводится как «бык». У многих народов было принято давать детям имена-обереги, связанные с животными. Называя сына Букой, родители надеялись, что природа примет его как своего, а сам мальчик унаследует от быка физическую силу и выносливость.

Менее вероятно, но тоже возможно, что фамилия образовалась от славянского прозвища Бука. Так на Руси называли нелюдимого, угрюмого и неразговорчивого человека. Такое прозвище могло отражать особенности характера или поведения конкретного предка.

Есть и третья версия, связанная с древней традицией охранительных имён. Букой в народе называли страшилище, которым пугали детей. Чтобы уберечь младенца от злых духов, родители могли нарочно дать ему такое «нехорошее» имя — считалось, что нечистая сила не позарится на того, кто уже назван Букой. Потомок человека по имени Бука со временем и получил фамилию Букин.

В русской ономастике эта фамилия укладывается в простую модель: к основе Бук- добавляется типичный русский суффикс принадлежности -ин, отвечающий на вопрос «чей?» — то есть «сын Буки».

Среди известных носителей фамилии — российский биохимик Василий Николаевич Букин (1899–1979), член-корреспондент АН СССР. Его научные работы были посвящены биосинтезу витаминов и их роли в обмене веществ.