Фамилия Букинина — женская форма, мужской вариант — Букинин. Она образована по типичной для русских фамилий модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей сын?» — Букинин, то есть сын Букини. Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Букиня. В ономастике такие формы обычно выводят от глагола «букать» — издавать глухой звук, мычать, ворчать. В северных и сибирских говорах «букой» называли угрюмого, нелюдимого человека, а «букиня» — его уменьшительно-пренебрежительный вариант, вроде «ворчуна» или «молчуна». Впрочем, возможна и другая версия: в диалектах «бук» — название растения (бук), и прозвище Букиня мог получить человек с крепким, коренастым телосложением, похожий на ствол этого дерева.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и встречается преимущественно в центральных регионах России, особенно в Нижегородской и Владимирской областях. Это указывает на её локальное происхождение: скорее всего, родоначальник Букининых жил в конкретной деревне или волости, и фамилия не вышла за пределы этого ареала. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто давали по роду занятий отца, суффикс -ин чаще привязывался к личному прозвищу, поэтому предки Букининых были, вероятно, крестьянами или посадскими людьми, получившими своё прозвище за характер или внешность.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Букин, Буканов — показывает, что у Букининой более редкая и архаичная форма: суффикс -ин здесь присоединён не к основе «Бук», а к уменьшительному «Букиня», что говорит о более тесной связи с конкретным человеком. В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется, что типично для поздних крестьянских фамилий, окончательно закрепившихся лишь после отмены крепостного права. Так что Букинина — не дворянская и не купеческая, а простая русская фамилия, в которой сохранился отзвук диалектного прозвища, давно забытого в литературном языке.