Фамилия Буковинин — редкий пример отыменного образования, в основе которого лежит не имя и не профессия, а топоним. Если разобрать её по составу, сразу бросается в глаза двойной суффикс: «-ин» уже есть в основе «Буковин», а сверху добавлен ещё один «-ин». Такая модель встречается нечасто и обычно указывает на то, что фамилию давали не в центральных губерниях, а где-то на окраинах, где слово «буковина» было в ходу как название местности.

Корень «бук» — дерево, бук. «Буковина» в славянских говорах означала буковый лес, рощу или местность, поросшую буком. Известна историческая область Буковина на стыке современных Украины и Румынии, но фамилия Буковинин могла возникнуть и независимо от неё: в любом регионе, где рос бук, человека, жившего у буковой рощи или выходца из села Буковино, могли прозвать Буковина, а его потомка — Буковининым. Двойной суффикс «-ин» тут выполняет роль усиления принадлежности: буквально «сын того, кого звали Буковина».

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с более простыми вариантами Буков, Буковин, Буковский. Но Буковинин — именно патроним от прозвища или неканонического имени Буковина. В документах XVII–XVIII веков такие формы часто встречались у крестьян и однодворцев южных и западных губерний, где бук был распространённой породой. В северных же регионах, где бук не растёт, фамилия могла быть занесена переселенцами или возникнуть от другого значения — например, от диалектного «буковина» в значении «буковое дерево» как материал.

Сословная принадлежность у фамилии не фиксируется: среди Буковининых могли быть и крестьяне, и мещане, и духовенство. Встречаемость её крайне низкая — по открытым данным, носители живут в основном в Центральной России и на Урале, что указывает на позднюю миграцию из юго-западных областей. Единой версии происхождения нет, но топонимическая гипотеза выглядит убедительнее антропонимической: прозвище от места жительства — самый естественный путь для такой прозрачной основы.