Фамилия Бунаков происходит от прозвища Бунак. В старину так называли спесивого, гордого человека — слово бытовало в северных и центральных говорах. Но корень у прозвища двойной: в других диалектах «бунак» означало человека с невнятной, бормочущей речью, почти немого. Эта смысловая развилка — редкий случай, когда одно и то же слово могло характеризовать и характер, и манеру говорить.

Словообразовательная модель простая: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Бунака». Фамилия относится к древнейшему пласту русских отпрозвищных фамилий, которые закрепились за крестьянскими и посадскими родами задолго до того, как в XVIII–XIX веках фамилии стали обязательными для всех сословий.

Спор о том, какое значение первичнее, решается через географию. В архангельских и вологодских говорах «бунак» — задира, гордец. В рязанских и тамбовских — «бунить» значит мычать, невнятно говорить. Оба значения фиксируются в исторических документах XVI–XVII веков, так что единой версии нет: предок Бунаков мог быть либо заносчивым, либо косноязычным.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Бунин, Бунаев — показывает, что основа «бун-» в русской ономастике устойчиво связана с диалектными прозвищами, а не с тюркскими или финно-угорскими заимствованиями, как иногда пытаются объяснить. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского фамилия Бунаков упоминается среди рядовых служилых людей XVI века, что подтверждает её давнее бытование не только в крестьянской, но и в мелкопоместной среде.