Фамилия Бунакова образована от прозвища Бунак. Прямое значение слова в старинных диалектах — «спесивый, гордый, заносчивый человек». Скорее всего, так прозвали того, кто держался с подчёркнутым достоинством или свысока. Есть и вторая версия: в некоторых говорах «бунак» означало человека с невнятной, бормочущей речью — отсюда современное диалектное «бунить» (ворчать, мычать). Какое из двух значений легло в основу фамилии, теперь не установить, но оба возможны.

По модели образования фамилия типична для восточнославянской традиции: суффикс -ов указывал на принадлежность, то есть «Бунакова» — дочь или жена Бунака. Со временем фамилия закрепилась за потомками, а окончание -а сохранило женскую форму, которая в русском языке стала неизменяемой. Среди однокоренных фамилий — Бунаков, Бунакин, Бунаковский, но Бунакова встречается реже, что может говорить о сравнительно позднем закреплении в документах.

География фамилии неширокая: основные очаги — южнорусские области (Курская, Воронежская, Ростовская) и Поволжье. Встречается и у донских казаков, что косвенно подтверждает бытовой, а не книжный характер прозвища. Сословного барьера не было: Бунаковы могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками — прозвище давали по личным качествам, а не по статусу.

В ономастических справочниках фамилия не получила развёрнутого анализа, но её основа упоминается в словаре В. Даля и в работах Б. Унбегауна как пример прозвищ, образованных от диалектных прилагательных. Споров о происхождении корня нет: «бунак» — слово исконно русское, без тюркских или финно-угорских параллелей.