Фамилия Бунетова — женская форма от Бунетов, и её разумнее всего начинать разбирать с мужского варианта. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Бунет. В русской ономастике суффикс -ет встречается реже, чем стандартные -к, -ок или -ун, и это сразу указывает на нетипичную модель образования. Скорее всего, Бунет — это не усечение от полного имени, а производное от глагола «бунить» или существительного «бун». В северных и сибирских говорах «бунить» означало гудеть, мычать, издавать протяжный звук, а также — капризничать, упрямиться. Прозвище Бунет могли дать человеку с низким голосом или, наоборот, сварливому, ворчливому («бунливому»). Вторая версия отсылает к слову «бун» — в некоторых диалектах так называли возвышенность, холм, бугор. Тогда прозвище Бунет могло быть топографическим: человек, живший на бугре, или выходец из местности с таким названием. Эта гипотеза слабее, так как для топографических прозвищ чаще использовали суффиксы -ец или -як (Бунец, Бундяк), но исключать её полностью нельзя — в фамилиях встречаются и единичные, нестандартные словоформы.

Фамилия Бунетова географически привязана к югу России и Украине, а также к казачьим областям. По данным современных справочников, носители фамилии Бунетов встречаются в Ростовской области, Краснодарском крае и в Запорожье. Это косвенно указывает на то, что прозвище могло возникнуть в среде донских или запорожских казаков, где прозвища с яркой отрицательной или звукоподражательной окраской были обычным делом. Суффикс -ов в фамилии Бунетов — стандартный патронимический, он указывает на принадлежность: «сын Бунета». То есть фамилия закрепилась в XVI–XVII веках, когда прозвища начали переходить в наследственные фамилии у служилых людей и казачества.

В написании фамилии возможна путаница с похожими вариантами: Бунтов, Бунятов, Бунаков. Бунетов отличается именно гласной «е» в середине, что исключает связь с «бунт» (мятеж). Если бы основа была «бунт», фамилия звучала бы как Бунтов. Так что этимология через «бунить» или «бун» — единственная состоятельная версия. Никаких документальных подтверждений о дворянском происхождении или внесении в родословные книги у этой фамилии нет — она типичная крестьянская или казачья, без сословных привилегий.