Фамилия Бунтукова — женская форма фамилии Бунтуков, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем, а не с именем или географическим названием. В основе лежит слово «бунт» — в древнерусском языке оно означало не только восстание, мятеж, но и сговор, скопление людей, а также шум, гам. Поэтому прозвище Бунтук могли дать не обязательно бунтарю или смутьяну — скорее человеку крикливому, шумному, либо тому, кто постоянно оказывался в центре споров и ссор. В некоторых говорах «бунтуком» называли упрямца, спорщика.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на твёрдый согласный добавили суффикс -ов, что указывает на принадлежность — «чей?» — Бунтуков, то есть сын или потомок Бунтука. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Бунтуко́ва, хотя в разговорной речи возможен и вариант с ударением на первый слог — это зависит от местной традиции.

Географически фамилия редкая, но встречается в южнорусских и центральных областях — в Курской, Воронежской, Рязанской губерниях, где слово «бунт» в народном языке сохраняло значения «шум, гам, толпа». Связи с украинским или белорусским влиянием не прослеживается: там форма «бунт» чаще означала просто «восстание», без дополнительных бытовых оттенков.

В сословном отношении Бунтуковы, как и большинство носителей фамилий на -ов, относились к крестьянам или мещанам. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её прозвищное, неслужилое происхождение. В метрических книгах XIX века можно найти записи о крестьянах Бунтуковых из сёл Черноземья — там фамилия нередко соседствовала с однокоренными Бунтаревыми, Бунтовыми.

Стоит отметить, что фамилия Бунтукова не имеет отношения к словам «бунчук» (конский хвост как знак власти у казаков) или «бунт» в значении «связка, кипа» (например, бунт бумаг). Это омонимичные корни, и путать их не стоит: прозвище Бунтук образовано именно от «бунта» как действия или характера, а не от предмета.