Фамилия Буньятов — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркское имя-основа встретилась с типично русским патронимическим суффиксом -ов. Такая модель образования говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, был крещёным татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, принявшим православие в XVI–XVIII веках. В русской среде фамилию просто «обрусели», прибавив окончание, указывающее на принадлежность роду: «чей?» — Буньятов, то есть сын или потомок человека по имени Буньят.

Основа фамилии — мужское личное имя Буньят (варианты: Буният, Бунят). Оно восходит к арабскому «буният» или персидскому «бунйад», что означает «основание, фундамент, здание». В переносном смысле имя трактовали как «крепкий, основательный», «опора рода». В тюркской среде это имя давали мальчикам с пожеланием стать надёжной опорой семье. Интересно, что в старых русских документах, например, в переписных книгах Казанского уезда XVII века, встречаются записи татарских мурз и служилых людей с именем Бунятко — это уменьшительная форма, от которой тоже могла образоваться фамилия Буньятов, но уже через суффикс -ин (Буняткин), а не -ов.

Фамилия географически привязана к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары и башкиры, переходившие в православие. Встречается она и у азербайджанцев, но там чаще пишется как Буниятов, с сохранением гласной «и». В русском же написании «Буньятов» с мягким знаком — это результат адаптации тюркского произношения к кириллической орфографии: звук [н] перед [ь] смягчается, а окончание -ов делает фамилию неотличимой от тысяч русских фамилий. Если искать однокоренные, то Буньятов — это «младший брат» фамилий Бунтов, Бунцев (от прозвища Бунт) и совсем далёкий родственник фамилии Буняков (от тюркского «буняк» — «здесь»). Но по смыслу и происхождению Буньятов стоит особняком: это не прозвище, а прямое указание на имя предка-основателя.