Фамилия Бурдоян — редкий случай, когда географию происхождения можно определить почти безошибочно. Её носители почти наверняка имеют молдавские или румынские корни. Об этом говорит характерный суффикс -ян, который в румынском языке (в отличие от русского или армянского) часто выполняет функцию родительного падежа, указывая на принадлежность. По сути, Бурдоян — это «сын Бурдоя» или «из рода Бурдоя».

В основе фамилии лежит прозвище или имя Бурдой. Самая прямая версия связывает его с румынским словом «burduf» (бурдюк, мешок для вина или сыра). В таком случае прозвище мог получить либо человек, делавший бурдюки (кожевник, шорник), либо полный, грузный мужчина, которого в шутку сравнивали с туго набитым мешком. В молдавских говорах слово могло звучать и сокращённо — как «бурдой». Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «бурда» (мутная жижа, грязь) — тогда прозвище носило бы уничижительный оттенок и давалось неряхе.

Модель образования проста: основа Бурдой + суффикс принадлежности -ян. В украинской и молдавской ономастике есть параллели: фамилии Бурденко, Бурдюг, того же корня. В русском языке такая фамилия появилась, скорее всего, во второй половине XIX — начале XX века, когда шли активные миграции из Бессарабии в другие губернии империи. Сословно предки Бурдоянов были, вероятнее всего, крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересно, что написание фамилии могло варьироваться: в метрических книгах XIX века нередко встречаются варианты Бурдоян, Бурдояну и даже Бурдойан. Двойное «о» в корне (Бурдоян, а не Бурдян) — ещё один маркер именно румынского происхождения, где ударение падает на последний слог.