Фамилия Бурхенова, вероятнее всего, образована от тюркского мужского имени Бурхан. В основе лежит арабское слово «бурхан» (برهان), которое переводится как «доказательство», «довод», «убедительное свидетельство». В исламской традиции это имя нередко давали мальчикам, желая, чтобы их жизнь и вера были неоспоримым доказательством истины. По-русски имя часто записывали как Бурхан, Бурган или Бурханетдин. Фамилия Бурхенова — это женская форма, а мужская — Бурхенов.

Суффикс «-ов» в фамилии указывает на её происхождение как отчества: Бурхенов буквально значит «сын Бурхена» (или «внук», если речь о более позднем закреплении фамилии). Такая модель типична для русских фамилий, образованных от иноязычных имён, особенно в регионах с тюркским населением. Встречается и вариант с суффиксом «-ин» — Бурханин, но он значительно реже.

Географически фамилия Бурхенова тяготеет к Башкортостану, Татарстану, а также к Оренбургской и Челябинской областям. Это косвенно подтверждает тюркские корни: имя Бурхан было распространено у башкир и татар. Встречается она и у казахов, но с более характерным окончанием «-ов» (Бурханов), которое в русской среде могло перейти в «-енов» из-за особенностей произношения или записи.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с монгольским словом «бурхан» (бог, божество). В этом случае фамилия могла возникнуть у бурят или калмыков, где Бурхан — это имя, данное в честь буддийского божества. Однако суффикс «-ова» для этих народов менее типичен, чем для тюркских, поэтому версия с арабским корнем выглядит убедительнее.

Таким образом, носительница фамилии Бурхенова может с высокой долей вероятности считать, что её предок по мужской линии носил имя Бурхан — «доказательство» или «довод». Фамилия не указывает на конкретное сословие: её могли получить и крестьяне, и служилые люди, принявшие православие или сохранившие мусульманскую веру, но перешедшие на русскую модель именования.