Фамилия Бурхонова хранит память о личном имени дальнего предка. Она образована от мужского имени Бурхон — таджикского или узбекского варианта более известного имени Бурхан. Происхождение этого имени толкуют по-разному. По одной версии, оно древнетюркское и означает «доказательство». По другой, более правдоподобной для центральноазиатского региона, имя восходит к монгольскому «бурхан» — «бог, божество». В монгольском и бурятском языках это слово давно и прочно означает буддийское божество или Будду, поэтому имя Бурхан (и его форма Бурхон) могло быть дано ребенку как пожелание божественного покровительства или как посвящение высшим силам.

Фамилия Бурхонова — женская форма, указывающая на принадлежность к роду, основателем которого был мужчина по имени Бурхон (или Бурхан). Мужской вариант — Бурхонов. По русской словообразовательной модели к основе имени добавили типичный патронимический суффикс -ов, который в русском языке означает «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». Таким образом, Бурхонов — буквально «сын Бурхона», а Бурхонова — «дочь (или жена) из рода Бурхоновых».

Фамилия распространена в регионах, где исторически сильны тюркские и монгольские языковые влияния: в Узбекистане, Таджикистане, а также среди народов Поволжья и Сибири, испытавших воздействие ислама и буддизма. В России носители фамилии чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане и в среде таджикской и узбекской диаспоры.

Интересная деталь: имя Бурхан фиксируется в древнетюркских рунических памятниках и в средневековых арабских источниках как титул или эпитет, а не только как личное имя. Поэтому предок человека с фамилией Бурхонов мог быть не просто носителем имени, а потомком человека, носившего прозвище или титул Бурхан — например, в значении «праведник», «святой» или «доказательство веры». Однако для рядовых носителей фамилии основой послужило именно бытовое личное имя, распространенное в исламизированных тюркских и иранских семьях.