Фамилия Бурдонова — женская форма фамилии Бурдонов, и её происхождение неочевидно. В русской ономастике есть несколько версий, и ни одну из них нельзя назвать бесспорной, что делает эту фамилию особенно интересной для разбора.

Самая вероятная основа — прозвище или мирское имя Бурдон. В южнорусских и украинских говорах «бурдон» означало «шмель» или «трутень». Так могли прозвать человека за гудящий голос, неспешность или за то, что он, как шмель, постоянно был занят делом. В этом случае суффикс -ов/-ев просто указывает на принадлежность: «чей?» — «Бурдонов», то есть сын или потомок Бурдона. Модель образования типична для крестьянских и мещанских фамилий центральной России.

Вторая версия отсылает к средневековой музыкальной практике. Бурдон (от французского bourdon) — это низкий, тянущийся звук, басовый голос или труба, держащая один тон. В этом случае прозвище Бурдон мог получить певчий с низким голосом, звонарь или музыкант, игравший на волынке (где бурдон — это басовая трубка). Фамилия могла закрепиться за представителями церковного или светского музыкального круга.

Третья, более редкая гипотеза связывает фамилию с диалектным словом «бурда» — мутный напиток или плохая еда. Но от «бурды» логичнее ждать фамилию Бурдин или Бурдов, а не Бурдонов. Поэтому эта версия менее правдоподобна: суффикс -он- в русских фамилиях редко образуется от существительных женского рода с основой на -а.

Географически фамилия Бурдонов чаще встречается в Поволжье и на юге России, что косвенно подтверждает связь с южнорусской диалектной лексикой. Фамилия не относится к числу дворянских или аристократических — её носители, скорее всего, были крестьянами, ремесленниками или людьми «низового» духовенства. Интересно, что в некоторых переписях XIX века фамилия записывалась через «а» — Бардонов, что могло быть следствием акающего произношения или путаницы с фамилией от слова «бард».