Фамилия Бурнакин не самая частая, но её происхождение прослеживается довольно уверенно. В её основе лежит прозвище или мирское имя Бурнак, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Бурнака, потомок Бурнака. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а, -я.

Корень здесь — «бурнак». В русских говорах, особенно южных и волжских, бурнаком называли небольшой овраг, промоину в земле или русло пересохшего ручья. Человек мог получить такое прозвище, если жил у такого оврага или, в переносном смысле, был «глубоким», «крутым» нравом. Однако есть и другая, более распространённая версия: бурнак — это диалектное название растения, чаще всего борщевика или какого-то высокого бурьяна. В этом случае прозвище могли дать человеку высокого роста, с копной волос или живущему в зарослях.

Версия с растением кажется правдоподобнее ещё и потому, что в ономастике известны фамилии от «растительных» прозвищ (Бурьянов, Крапивин, Лопухов). Кроме того, слово «бурнак» фиксируется в курских и орловских говорах, что даёт региональную привязку: предки Бурнакиных, скорее всего, происходят из чернозёмной полосы России. Менее вероятно, хотя и не исключено, возведение к тюркскому «бурнак» (нос, клюв) — для этого нет устойчивой традиции в русском антропонимиконе.

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская по происхождению. Встречается в основном в центральных и южных областях России. Интересно, что в некоторых старых документах можно увидеть написание «Бурнаков» — вариант с суффиксом -ов, что говорит о колебаниях в оформлении фамилии, пока она не устоялась.