Фамилия Бутукин происходит от прозвища Бутука. В русских говорах «бутука» — это бычок, телёнок, а в переносном смысле — упрямый, насупленный человек. Основа та же, что в слове «бутуз» — крепыш, коротышка, увалень. Прозвище могли дать ребёнку за плотное телосложение или взрослому за характер: неговорчивый, угрюмый, «бучащий» себе под нос.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бутукин — сын Бутуки. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у потомков людей с прозвищами на согласный, Бутукин вписывается в ряд фамилий от уменьшительных или обиходных форм: Бутукин, Бутузов, Бутусов.

География фамилии неширокая, но устойчивая: наибольшая концентрация носителей фиксируется в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. Это согласуется с ареалом диалектного слова «бутука» в севернорусских и среднерусских говорах. Вероятно, предки Бутукиных были крестьянами или посадскими людьми, закрепившими прозвище как родовое имя.

Встречается и редкая версия, выводящая фамилию от тюркского «бутук» — «колено, сустав», но она менее убедительна: для русского уха такое слово звучит нехарактерно, и фамилия не имеет параллелей в татарских или башкирских родах. Правдоподобнее держаться исконно славянской основы.

Современный носитель фамилии может счесть её редкой, но за ней стоит живая картина: либо предок был крепким, как бычок, либо упрямым, как телёнок. В любом случае, прозвище не было обидным — скорее, метким бытовым наблюдением.