Фамилия Бутусин — относительно редкая, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или мирским именем Бутус. В основе лежит диалектное слово «бутус», которое в русских говорах, особенно северных и сибирских, означало «угрюмый, насупленный человек», «бирюк» или «нелюдим». Так могли прозвать человека с тяжёлым, замкнутым характером, который редко улыбался и держался особняком. В некоторых областях «бутусом» называли также коротышку или толстячка, но основное значение всё же связано с мрачностью нрава.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бутусин — это «сын Бутуса» или «человек из рода Бутуса». Модель образования типична для русских фамилий, произошедших от прозвищ, оканчивающихся на согласный. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от имён на -о/-а (например, Иванов), -ин характерен для основ на -а/-я (Пушкин, Ильин) и на твёрдый согласный (Бутус → Бутусин). Эта форма указывает на древность прозвища: оно бытовало ещё в допетровскую эпоху, когда мирские имена и уличные клички свободно передавались по наследству.

Географически фамилия Бутусин встречается разрозненно, но заметный след оставила на Русском Севере и в Поволжье. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Бутус, например, в Вятском крае. Это не случайно: именно в северных говорах слово «бутус» употреблялось особенно часто. В современных справочниках фамилия фиксируется в Архангельской, Вологодской областях, а также в Татарстане и Удмуртии, что может быть связано с переселениями северян в XVIII–XIX веках.

Сословный состав носителей фамилии типичен для прозвищного происхождения: в основном крестьяне и мещане. Дворянских родов Бутусиных в гербовниках не значится, что подтверждает народный, бытовой корень. Впрочем, прозвище могло закрепиться и за человеком, который носил такую уличную кличку, не обязательно отражавшую его характер — иногда «Бутусом» дразнили за внешность или манеру держаться.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Бутусов, Бутузов, Бутурин) показывает, что Бутусин стоит несколько особняком. Бутусов — более частая форма, образованная по той же модели, но с другим суффиксом; Бутузов восходит к слову «бутуз» (толстяк, карапуз), а Бутурин — к основе «бутура» (неповоротливый человек). Бутусин же сохранил редкий вариант основы без суффиксального наращения, что делает его более архаичным и ценным для ономастики.