Фамилия Буйницкий — из числа тех, что образованы по модели, характерной для шляхетских и южнорусских родов: от прозвища или имени с помощью суффикса -ский/-цкий. В основе лежит прозвище Буйный. Есть две версии его происхождения.

Первая и самая очевидная: прозвище Буйный давали человеку с крутым нравом — вспыльчивому, неспокойному, «буйному». В древнерусском языке слово «буйный» означало не только «дерзкий», но и «сильный», «смелый», так что прозвище могло быть и без отрицательного оттенка. От него через суффикс -цк- (вариант -ск-) и окончание -ий образовалась фамилия: Буйный → Буйницкий. Такая модель особенно часто встречалась в землях Великого княжества Литовского и Речи Посполитой, где фамилии на -ский носили как знак принадлежности к шляхетскому сословию или к топониму — например, от названия поместья Буйничи.

Вторая гипотеза — тюркская. Она отталкивается от слова «буйнос» (или «буйнус») — «с шеей горностая». Так могли прозвать человека с длинной или тонкой шеей. Но эта версия менее правдоподобна: слово «буйнос» не зафиксировано в употребительных тюркских языках в таком значении, а переход от него к форме Буйницкий требует дополнительных допущений. Скорее всего, перед нами случай народной этимологии, когда редкий корень подгоняют под знакомое звучание.

В любом случае, в основе фамилии — прозвище, которое со временем закрепилось как наследственное имя. Суффикс -ский указывает, что носители фамилии могли принадлежать к служилому сословию или иметь владельческие корни, хотя не исключено, что фамилию дали по названию места — например, села или усадьбы с корнем «буй-» (сравните с названием Буйничи под Могилёвом).