Фамилия Данукина образована от мужского прозвища или имени Данука, а оно, в свою очередь, — народная, обиходная форма канонического имени Даниил. В переводе с древнееврейского языка это имя означает «судья мой — Бог». Подобные усечённые или уменьшительные формы (Даня, Данка, Дануша) были широко распространены в русской деревне: официальное церковное имя в быту часто сокращали, а затем на базе такого сокращения возникала фамилия.

Модель образования здесь стандартная и прозрачная: к основе «Данук» добавили русский патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Дануки). Сначала Данукиным называли сына или потомка человека по прозвищу Данука, а затем это закрепилось как наследственная фамилия. Женская форма Данукина — это вариант по мужу или отцу, то есть «жена или дочь Данукина».

Скорее всего, основатель рода Данукиных происходил из простого сословия. В крестьянской и мещанской среде патронимы на -ин встречались особенно часто и закреплялись за теми, кто не принадлежал к дворянству. Фамилия редкая, её географическое ядро, по всей видимости, связано с центральными или южнорусскими областями, где имя Даниил и его производные были особенно популярны.

Любопытно, что в отличие от фамилий на -ов (типа Данилов), суффикс -ин в фамилии Данукин указывает на основу, оканчивающуюся на согласный или гласный «а», — и это дополнительно подчёркивает, что прозвище Данука звучало именно как полное, хоть и сокращённое, имя, а не как притяжательное прилагательное. Таким образом, фамилия Данукина — это живое свидетельство того, как в русской ономастике библейское имя проходило через народную переработку и закреплялось в виде родового прозвания.