Фамилия Данукин образована от имени Данука — уменьшительно-ласкательной формы канонического имени Даниил. Само имя Даниил восходит к древнееврейскому «судья мой — Бог», и в народной среде оно дало множество производных: Даня, Дануля, Дануся, Дануха. Имя Данука — одна из таких обиходных форм, бытовавшая в разговорной речи и закрепившаяся в фамилии.

Модель образования фамилии типична для русского ономастикона: суффикс -ин указывает на принадлежность. Данукин буквально означает «сын Дануки» или «потомок Дануки». Такая патронимическая модель (от личного имени с помощью -ин) характерна для фамилий, образованных от основ на -а, -я: Данукин, как и Пушкин, Ильин, Никитин.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральных и южных областях России, фамилии на -ин в большей степени свойственны северным и северо-восточным регионам. Однако точная география бытования фамилии Данукин не привязана к какой-то одной местности — она встречается рассеянно, что говорит о её относительно позднем закреплении, возможно, в среде крестьянства или мещанства.

Имя Данука не зафиксировано в святцах, но в прошлом такие народные формы церковных имён были обычны в повседневном обиходе. Со временем они вытеснялись полными вариантами, но успели оставить след в фамилиях. Таким образом, фамилия Данукин — это не просто наследственное прозвание, а памятник живой разговорной традиции, где библейское имя получило домашнее, тёплое звучание.