Фамилия Данюкины относится к числу русских фамилий, образованных от имени собственного через цепочку уменьшительных форм. Её основа — имя Данюк, которое в украинской и западнорусской традиции служит обиходной формой церковного имени Даниил. Само имя Даниил пришло из древнееврейского языка и означает «мой судья — Бог», поэтому и фамилия Данюкин, и её вариант Данюкины несут ту же смысловую нагрузку: указание на божественный суд.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Данюкин буквально означает «сын Данюка» или «человек из рода Данюка». Такая модель с суффиксом -ин (а не -ов) типична для имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я: Данюк → Данюкин. Форма множественного числа Данюкины закрепилась, когда фамилию начали употреблять применительно ко всей семье или роду — в ответах на вопрос «чьи будете?».

Существует и альтернативная версия, возводящая имя Данюк напрямую к библейскому Дану. Дан в переводе с древнееврейского означает «судящий, судья». Однако эта гипотеза менее убедительна: имя Дан в русской и украинской традиции почти не встречалось как самостоятельное крестильное, а уменьшительная форма от Даниила — Даня, Данюк, Данька — была распространена повсеместно. Поэтому связь с Даниилом остаётся основной.

Географически фамилия Данюкины тяготеет к юго-западным областям России и к Украине, где суффикс -юк в уменьшительных именах (Данюк, Иванюк, Петрюк) был особенно активен. В XIX веке носители фамилии фиксировались преимущественно среди крестьян и мещан Черниговской, Полтавской и Курской губерний. Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс перехода от отчества к наследственной фамилии растянулся на несколько столетий, и у разных ветвей Данюкиных он мог завершиться в разное время.