Фамилия Данюковы (в мужском роде — Данюков) образована от имени собственного и относится к распространённому типу русских фамилий. В её основе лежит имя Данюк — одна из украинских уменьшительных форм церковного имени Даниил. Само имя Даниил пришло в русский язык из древнееврейского и означает «мой судья — Бог». По другой, менее распространённой версии, имя Данюк могло произойти напрямую от древнееврейского имени Дан, которое переводится как «судящий» или «судья». В любом случае, фамилия указывает на то, что её родоначальника звали Данюком, а его потомки со временем стали Данюковыми.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «сын Данюка». Такая модель образования фамилий — от отчества через суффикс -ов/-ев — была особенно распространена в центральной России и на севере Украины. Именно поэтому, несмотря на украинское происхождение уменьшительного имени Данюк, фамилия Данюков воспринимается как русская по форме.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий. Однако можно с уверенностью сказать, что Данюковы — это потомки человека, которого в быту звали Данюком. Поскольку имя Даниил было одним из самых распространённых на Руси, его уменьшительные формы дали жизнь целому ряду однокоренных фамилий: Данилов, Данильченко, Данилюк, Даниловский. Фамилия Данюков стоит в этом ряду особняком, сохранив именно южнорусскую (украинскую) огласовку имени-основы.