Фамилия Давыденя — одна из тех, что образованы не от полной, а от уменьшительной формы крестильного имени. В её основе лежит имя Давид, которое пришло на Русь вместе с христианством. С древнееврейского оно переводится как «любимый» или «возлюбленный». В народной среде имя быстро адаптировали: от полного Давид пошли обиходные формы — Давыд, Давыдка, Давыденя. Последняя, с суффиксом -еня, характерна для западнорусских и белорусских земель. Этот суффикс в XVI–XVII веках часто использовали для обозначения человека по имени отца: Давыденя — буквально «сын Давыда» или «потомок Давыда». Со временем форма закрепилась как фамилия, минуя стадию отчества.

Географически фамилия тяготеет к региону, где исторически смешивались восточнославянские говоры с польским и литовским влиянием. Суффикс -еня (как в фамилиях Карпеня, Яковеня, Степаненя) — верный признак того, что предки носителя фамилии жили на территории современной Беларуси, западной Украины или юго-западных областей России. В отличие от центральнорусских фамилий на -ов/-ев, модель на -еня сохранила архаичную форму прямого именования по отцу без дополнительного суффикса принадлежности.

Встречаются и редкие варианты написания — Давыдёня или Давыденя с ударением на второй слог. Путаница в окончаниях связана с тем, что в белорусском языке суффикс -еня произносится мягче, а на письме мог передаваться по-разному. В метрических книгах XIX века можно найти записи, где одного и того же человека записывали то как Давыденя, то как Давиденя — через «и» в корне, что отражает народное произношение имени Давид.

Сословного барьера у фамилии не было: её носили и крестьяне, и мещане, и казаки. В ревизских сказках XVIII–XIX веков Давыденя чаще всего встречается среди государственных крестьян Могилёвской и Витебской губерний. Если ваш предок носил эту фамилию, он с большой вероятностью был земледельцем или ремесленником из белорусского Полесья или Поднепровья.