Фамилия Долгаков образована по очень распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или нецерковного имени Долгак с помощью патронимического суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Долгаков буквально означает «сын Долгака». Вопрос в том, что скрывалось за этим прозвищем.

Самая очевидная версия отсылает к внешности или физическим данным. Долгаком на Руси могли называть высокого, долговязого человека. Слово «долгий» в значении «длинный» (ростом) было в ходу повсеместно, и прозвище Долгак — естественное производное от него. Менее распространённая, но не менее правдоподобная гипотеза связывает основу с характером: «долгий» могло означать медлительного, тягучего, того, кто долго делает дела или долго говорит. В диалектах встречается и глагол «долгать» — «медлить», что поддерживает эту версию.

Интересно, что в отличие от фамилий Долгов или Долгих, форма Долгаков встречается реже, что косвенно указывает на её более локальное бытование. Скорее всего, она закрепилась в северных или центральных губерниях России, где прозвища на -ак были особенно характерны для крестьянской среды. В документах XVI–XVII веков, например, у С. Б. Веселовского, встречаются отдельные упоминания людей с прозвищем Долгак, но массового распространения эта основа не получила.

Таким образом, предок современного носителя фамилии Долгаков — это, по всей видимости, крестьянин или посадский человек, получивший уличное прозвище за свой высокий рост или, что реже, за неторопливый нрав. Фамилия не принадлежала к дворянским родам и не связана с географическими названиями — она чисто бытовая, прозвищная, и её значение лежит на поверхности, если знать диалектные оттенки слова «долгий».