Фамилия Дондокова образована от мужского личного имени Дондок, которое пришло в русский язык через монгольское посредничество из тибетского. В оригинале имя означает «исполняющий все желания» — это буддийское имя с религиозным подтекстом, нередко дававшееся в семьях, следовавших ламаистской традиции. Однако у слова есть и другие, более приземлённые толкования, и здесь мы сталкиваемся с типичным для ономастики случаем, когда одна и та же основа могла дать разные по смыслу прозвища.

По второй версии, «дондок» — это монгольское слово, означающее «средний». В таком случае имя-прозвище получал не первый и не последний ребёнок в семье, а тот, кто родился между старшими и младшими детьми. Иногда так называли и просто заурядного, ничем не выделяющегося человека — без резких черт характера или особых талантов.

Третья гипотеза отсылает к киргизскому «дондук» — «внушающий страх, грозный». Если принять эту версию, то предок Дондоковых был человеком сурового нрава, строгим и взыскательным, и получил прозвище за свой характер или поведение. Из трёх вариантов этот выглядит менее вероятным, поскольку киргизское влияние на антропонимию бурят и калмыков (основных носителей фамилии) слабее монгольского и тибетского.

Фамилия оформлена типичным русским суффиксом -ов, который присоединился к основе Дондок. Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде, где русская административная система фиксировала имена и прозвища местных народов: бурят, калмыков, отчасти тувинцев. Географически Дондоковы чаще всего встречаются в Бурятии и Забайкалье, реже — в Калмыкии. Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс закрепления таких имён в качестве наследственных растянулся на несколько столетий, и окончательно о происхождении конкретной ветви можно говорить только после генеалогического исследования конкретной семьи.