Фамилия Дондуковы образована от личного прозвища Дондук. Основа здесь — диалектное слово «дундук», бытовавшее в олонецких и смоленских говорах. Значения у него разные, и оба нелестные: «бестолковый человек» или «толстый мужчина маленького роста». Прозвище, скорее всего, давали по заметной внешности или по складу характера — насмешливое, но меткое.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе на твёрдый согласный прибавили суффикс -ов, обозначающий принадлежность. Дондуков — буквально «сын Дондука» или «из рода Дондука». Интересно, что суффикс здесь стоит после корня, оканчивающегося на -к, что даёт чередование к/ч (Дондук — Дондуков), но в самой фамилии оно не отразилось, так как ударение осталось на втором слоге.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно. Процесс формирования фамилий у разных сословий шёл неравномерно: у крестьян и мещан они закрепились в основном к XIX веку. Дондуковы могли появиться в любой из областей, где было распространено слово «дундук», — например, на Русском Севере или в Смоленщине.

Стоит упомянуть, что существует и другой, более редкий вариант происхождения — от тюркского имени Дондук. В этом случае фамилия могла принадлежать потомкам крещёных татар или калмыков. Однако для русских говоров первая версия, с диалектным прозвищем, выглядит правдоподобнее: она объясняет и негативный оттенок значения, и бытовую логику возникновения фамилии.