Фамилия Дондуков образована от прозвища Дондук, а оно, в свою очередь, восходит к диалектному слову «дундук». В олонецких и смоленских говорах так называли бестолкового человека, а также толстого мужчину маленького роста. Фамилия построена по стандартной модели: к основе Дондук прибавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Дондуков), то есть потомок человека по прозвищу Дондук.

Интересно, что в основе лежит не полное имя, а именно прозвище — вероятно, насмешливое или описательное. В старину такие прозвища давали не столько для оскорбления, сколько для точного узнавания человека в быту. Со временем оно закрепилось за его детьми и внуками как наследственная фамилия.

Обратите внимание на написание: в корне «дон» вместо ожидаемого «дун». Это могло возникнуть из-за акающего произношения (в говорах «дондук» звучало как «дандук» или «дондук»), а потом закрепилось на письме. Встречаются и однокоренные фамилии — Дундуков, Дундук, но Дондуков — самостоятельная ветвь, географически привязанная к северо-западным и центральным областям России.

Фамилия редкая, в дворянских родословных книгах не зафиксирована — скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди. В современных справочниках по ономастике (например, в работах Б. Унбегауна) она не упоминается, что говорит о её локальном бытовании.