Фамилия Дондуковский — редкий пример, в котором за основу взято не личное имя, не прозвище и не профессия, а название населённого пункта, причём, скорее всего, уже исчезнувшего или малоизвестного. Типологически это типичная «географическая» фамилия, образованная по модели, распространённой в среде русского духовенства и дворянства: основа (название места) плюс суффикс -ск- и окончание -ий. Такие фамилии (например, Троицкий, Знаменский, Рождественский) давали в семинариях, заменяя ими простонародные, или же их получали переселенцы, переезжавшие в другие губернии и желавшие сохранить память о малой родине.

Корень «Дондук-» указывает на топоним — село или деревню Дондуки, Дондуково или Дондуковка. В свою очередь, это название восходит к тюркскому личному имени Дондук. Такое имя встречается у калмыков, татар и других тюркских народов; его значение связывают с понятиями «спокойный», «тихий», «мирный» (сравните с калмыцким «дондук» — смирный, кроткий). В истории известно калмыцкое ханство, и один из правителей носил имя Дондук-Омбо. Таким образом, фамилия Дондуковский — это русифицированная форма, которая могла возникнуть на южных рубежах России, в районах контакта с тюркоязычным населением.

Сам суффикс -овск- в данном случае — наложение двух формантов: притяжательного -ов- (указывающего на принадлежность к роду Дондуковых) и топонимического -ск-. Это отличает фамилию от более простой формы «Дондуков», которая тоже существует и встречается чаще. Дондуковский — вторичная, «более книжная» фамилия, которую могли дать выходцам из села, где жили Дондуковы, или же взять искусственно, как более благозвучный вариант.

Сословная принадлежность первых носителей могла быть разной. Если фамилия семинарская, то её обладатель — выходец из духовного звания, получивший её при поступлении в училище (священники часто брали фамилии от названий сёл, где служили их отцы). Если же фамилия дворянская, то она могла принадлежать обрусевшим потомкам калмыцких или татарских мурз, перешедших на русскую службу. Однако документальных подтверждений существования дворянского рода Дондуковских в официальных родословных книгах нет — это скорее единичный случай.

В современной России фамилия Дондуковский встречается крайне редко, в основном на юге (Ростовская область, Ставрополье, Калмыкия). Её уникальность в том, что она сохранила память о тюркском имени, которое почти исчезло из живого употребления, но закрепилось в русской ономастике благодаря характерному суффиксу.