Основой фамилии Донюков послужило имя Доня. Имя Доня предположительно представляетс собой уменьшительную форму одного из крестильных имён: Антон (в переводе с греческого означает "противостоящий", "состязающийся"), Дормидонт (от греческого "копье-начальник"), Донат (от латинского "подаренный") или Даниил (от древнееврейского "мой судья - Бог"). Таким образом, фамилия Донюков фактически может представлять собой отчество второго порядка: Донюков - сын Донюка и внук Дони. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, в основе фамлии Донюков лежит прозвище Донюк, образованное от названия реки Дон. В этом случае прозвище Донюк получил выходец с берегов этой реки. Считается, что название Дон происходит от нарицательного «дон», которое в скифском и осетинском языках означает «вода, река». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Доня, со временем получил фамилию Донюков.