Фамилия Донюковы — это отчество второго порядка, то есть она указывает на внука человека по имени Доня. Строится она по цепочке: Доня → Донюк → Донюков. Суффикс -юк здесь ключевой: он типичен для украинской ономастики и обозначает «маленького» или «сына» (сравните с русским -енок или -онок). Поэтому Донюков буквально значит «сын Донюка», а Донюк — «сын Дони». Так что географически корни фамилии стоит искать скорее на украинских землях, чем в великорусских областях.

Имя Доня, которое легло в основу, — это уменьшительная форма от нескольких крестильных имён. Самые вероятные варианты: Антон (от греческого «противостоящий»), Дормидонт (греческое «копье-начальник», редкое, но бытовавшее в простонародье), Донат (от латинского «подаренный») или Даниил (древнееврейское «мой судья — Бог»). Выбрать одно из них без документов невозможно, но все они в равной степени объясняют происхождение.

Есть и другая версия, хотя она менее правдоподобна. По ней прозвище Донюк дали человеку, пришедшему с берегов реки Дон. Само слово «дон» в скифском и осетинском языках означало «вода, река» — это известный факт из работ по индоевропейской гидронимии. Однако против этой гипотезы говорит то, что суффикс -юк в русских прозвищах по месту жительства встречается редко: для выходца с Дона скорее ожидалась бы фамилия Донской или Донцов. Кроме того, имя Доня как уменьшительная форма крестильных имён гораздо более распространено, чем прозвище от гидронима. Поэтому версия с именем Доня надёжнее.