Фамилия Донин — классический пример русской фамилии, образованной от имени собственного. В её основе лежит имя Доня, которое было популярной уменьшительной формой сразу для нескольких крестильных имён. Чаще всего так в быту называли Авдона (древнееврейское «слуга, раб»), Доната (латинское «подаренный») или Даниила («Божий суд»). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Донин — «сын Дони» или «человек из рода Дони».

Интересно, что в народе это короткое имя иногда связывали с рекой Дон, хотя прямая этимология тут ни при чём. Однако эта ассоциация породила вторую, менее вероятную гипотезу: будто фамилия произошла от гидронима. Согласно этой версии, предок Дониных жил на берегах Дона или был донским казаком. С точки зрения словообразования такое объяснение слабее — фамилии от названий рек обычно образуются с суффиксом -ский (Донской, Задонский), а не -ин. Но полностью исключать связь с местностью нельзя: прозвище Доня могли дать человеку, который пришёл с Дона.

Модель с суффиксом -ин — одна из самых продуктивных в русской ономастике. Она встречается в фамилиях, образованных от имён и прозвищ на -а/-я (Путя — Путин, Федя — Федин). Донин стоит в одном ряду с фамилиями Вонин, Тонин, Гонин — все они образованы от кратких форм крестильных имён.

О точном времени возникновения фамилии судить сложно: процесс шёл несколько столетий, и разные ветви рода могли получить её независимо друг от друга в разных губерниях. Но в любом случае Донины — не случайная фамилия, а памятник живой народной традиции переделывать длинные церковные имена в короткие и удобные для повседневной речи.