Фамилия Дорофеенков образована от крестильного имени Дорофей, которое пришло на Русь из греческого языка. Греческое имя Дорофеос (Δωρόθεος) состоит из двух частей: «дорон» — дар и «теос» — бог, то есть буквально «дар Бога». Это имя было широко распространено в православной среде, и от него возникло множество фамилий: Дорофеев, Дорофейкин, Дорохин, Дорошенко. Дорофеенков стоит в этом ряду особняком из-за своего суффикса.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -енков. Если фамилии на -ов (Дорофеев) означали «чей-то сын» или «чей-то потомок», то суффикс -енков (а также -онков) характерен для южнорусских и украинских земель. Он указывает на уменьшительно-ласкательную форму имени-основы. То есть Дорофеенков — это не просто «потомок Дорофея», а «потомок Дорофеенка», где Дорофеенко — это ласкательное или обиходное прозвище мальчика по имени Дорофей. Такая модель фамилий активно формировалась в XVI–XVII веках на территории современных Брянской, Курской, Белгородской областей и Слободской Украины.

В основе лежит не полное имя, а его просторечная форма. В народе Дорофея могли называть Дорофеенко, Дорош, Дороха. Скорее всего, предок носителя фамилии был не просто Дорофеем, а именно Дорофеенком — так его называли в семье или в деревне. Когда в России началась массовая фиксация фамилий (в основном после отмены крепостного права в 1861 году), эта обиходная форма и закрепилась как фамильная.

Социальный состав носителей фамилии был в основном крестьянским. В дворянских родословных книгах Дорофеенковы встречаются редко, в отличие от Дорофеевых, которые могли принадлежать к духовенству или купечеству. Фамилия не имеет «географической привязки» к одному уезду — её можно встретить в архивах и Курской, и Орловской, и Харьковской губерний, что подтверждает её происхождение из южнорусского диалектного ареала.

С точки зрения словообразования, Дорофеенков — яркий пример «полуотчества», где к основе на -енко добавили великорусский суффикс -ов. В украинском варианте фамилия осталась бы Дорофеенко, а в русском — «обрусела» и получила окончание -ов. Так что это фамилия, которая стоит на стыке двух культур: имя греческое, основа украинская, а окончание русское.