Фамилия Достойнин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не внешняя черта, а внутреннее качество, да ещё и в необычной словообразовательной форме.

Корень здесь — «достойн-», от прилагательного «достойный». В древнерусском языке, а особенно в церковной и книжной среде, это слово означало не только «заслуживающий уважения», но и «праведный», «соответствующий высокому званию». Однако фамилия образована не через стандартный суффикс -ов/-ев (как Достойнов) и не через -ин (как Достойнин мог бы быть от женского имени Достойна). Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность: «чей?» — Достойнин, то есть «сын Достойного» или «человек из рода Достойных». Но само слово «Достойный» как личное прозвище — большая редкость.

В русской ономастике гораздо чаще встречаются фамилии с корнем «достой-» в форме Достоевский (от местечка Достоево). Достойнин же — это, скорее всего, искусственная или семинарская фамилия. В духовных училищах XVIII–XIX веков ученикам нередко давали фамилии по их личным качествам или по церковным добродетелям: Благочестин, Смиренский, Любомудров. Достойнин могла получить семья, где предок отличался безупречным поведением, или её присвоили семинаристу как награду за успехи.

Географически фамилия крайне редкая. По данным современных переписей, Достойнины встречаются точечно, в основном в центральных и северных регионах России, что косвенно подтверждает версию о происхождении из духовного сословия — такие фамилии редко расходились широко за пределы одного уезда или епархии.

В отличие от фамилий, образованных от мирских прозвищ (вроде Кривошеин или Неупокоев), Достойнин не несёт оттенка иронии или бытовой оценки. Это фамилия-характеристика, данная «сверху» или как самоопределение — и в этом её уникальность: она не описывает внешность или занятие, а задаёт нравственный вектор.