Фамилия Достойнова — женская форма фамилии Достойнов, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу выдаёт необычность. Подавляющее большинство русских фамилий образовано суффиксами -ов/-ев, -ин, -ский. Суффикс -ов здесь на месте, но основа — Достойн- — выглядит как прилагательное «достойный» в краткой форме мужского рода. Это и есть ключ: фамилия Достойнов происходит от прозвища или мирского имени Достойный.

В русской ономастике краткие прилагательные в основе фамилии — явление, но не самое частое. Обычно такие прозвища давали за характер: «достойный» означало человека почтенного, заслуживающего уважения, честного и надёжного. В XVI–XVII веках это слово имело более конкретный оттенок — «соответствующий, подходящий, пригодный». Прозвище Достойный мог получить крестьянин, который исправно нёс повинности, или ремесленник, чья работа не вызывала нареканий. В духовной среде «достойным» называли причетника или дьячка, который вёл себя безупречно, — отсюда возможна связь с церковной средой.

Модель образования проста: к основе Достойн- добавили патронимический суффикс -ов, что буквально означало «сын Достойного». Со временем прозвище превратилось в фамилию, закрепившись за родом. Географически фамилия редкая, и её концентрация не привязана к одному региону — встречается разрозненно, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с локальным ремеслом или топонимом.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» разбирается группа фамилий от качественных прилагательных (типа Смирнов, Молчанов), и Достойнов логично вписывается в этот ряд, хотя и менее распространён. По сравнению с однокоренными Достоевский (от местечка Достоево) и Достойнов — разные по происхождению: первая топонимическая, вторая — прозвищная. Вариант Достойнова — форма жены или дочери, и в современных записях актов гражданского состояния она встречается чаще мужской, что отражает общую тенденцию сохранения женских форм в быту.