Фамилия Довганин принадлежит к распространенному типу русских фамилий, образованных от прозвища. Её основа — слово «довга́н» или «довгань», которое в южнорусских и украинских говорах означает «длинный», «высокий» (от общеславянского «дългъ» — долгий). Таким образом, Довганин — это потомок человека по прозвищу Довган, то есть долговязого, высокого ростом.

Модель образования здесь классическая: к основе на твердый согласный (-н) добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Довганин сын). Это типично для фамилий, возникших в северных и центральных областях России, где -ин был основным патронимическим суффиксом, вытеснившим украинский вариант Довганенко или Довганюк. Географически фамилия чаще всего встречается в Воронежской, Курской, Ростовской областях, а также на Кубани — зонах активного смешения русского и украинского населения, где прозвище Довган было в ходу.

В ономастике существует и более редкая версия: прозвище могли дать не за рост, а за характер — «долгий» в смысле «медлительный», «тягучий». Но основное значение, закреплённое в словаре русских фамилий (например, в работах Ю. Федосюка), связано именно с физическим признаком.

Интересная деталь: у фамилии есть однокоренные «родственники» — Долганов, Долгих, Довгаль. Но Довганин стоит особняком благодаря суффиксу -ин, который в этом случае не просто указывает на сына, но и сохраняет южнорусское звучание основы («довг-» вместо «долг-»). Это позволяет предположить, что предки носителей фамилии жили на границе диалектных зон, где «долгий» произносили как «довгий», а фамилию записывали по-русски, с окончанием -ин.