Фамилия Довганинец — одна из тех, в которых сразу слышна не русская, а украинская или белорусская огласовка. Центральный элемент здесь — суффикс -инец, характерный для восточнославянских фамилий, образованных от названий местности или прозвищ. В украинском языке этот суффикс часто указывает на принадлежность к определённому селу, роду или на происхождение от человека с характерным признаком.

Основа фамилии — Довган (или Довгань). Это украинское и польское слово, означающее «долговязый», «высокий», «длинный». В старину так могли прозвать человека высокого роста, с длинными руками или ногами. Прозвище Довгань фиксируется в реестрах запорожских казаков и в польских шляхетских документах XVI–XVII веков. Таким образом, Довганинец — это буквально «сын Довганя» или «потомок того, кого звали Довган».

В словообразовательном плане фамилия стоит в ряду таких украинских фамилий, как Довганец, Довганич, Довганюк. Модель «прозвище + суффикс -инец» указывает на то, что фамилия закрепилась скорее в западных и центральных регионах Украины, а также на юге Беларуси. В России подобная форма встречается редко, что делает Довганинец маркером конкретной культурной и языковой среды.

Стоит отметить, что существует и топонимическая версия. В некоторых сёлах на Волыни и Подолье есть урочища или хутора с названием Довганы, Довгановка. В таком случае Довганинец мог означать «выходец из Довган» или «житель того места, где живут Довганы». Однако первая версия — от прозвища — более вероятна, так как топонимы сами часто происходят от той же самой фамильной основы.

Крестьянское или казацкое происхождение фамилии — наиболее вероятное. Среди носителей фамилии Довганинец нет известных дворянских родов, что говорит о её народных корнях. В метрических книгах XIX века эта фамилия встречается преимущественно у крестьян и мещан Киевской, Волынской и Подольской губерний.