Фамилия Дубакины образована от личного прозвища Дубака. В основе прозвища лежит слово «дуб», но значение у него было шире, чем название дерева. В старину дубом или дубакой называли человека крепкого, здорового, плотного телосложения — отсюда пошло и слово «дубина» в значении «здоровяк». Вторая, не менее вероятная версия, связывает прозвище с местом жительства: Дубакой могли прозвать того, кто жил в дубовом лесу или рядом с заметным дубом — ориентиром на местности.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Дубакин — это «сын Дубаки» или «человек из рода Дубаки». Такая модель типична для фамилий, возникших от прозвищ и нецерковных имён в северных и центральных областях России.

Точное время появления фамилии Дубакин установить сложно: процесс закрепления фамилий у крестьян и мещан растянулся до XIX века. Однако можно предположить, что в письменных источниках фамилия фиксируется с XVI–XVII веков, когда прозвища начали переходить в наследственные именования. Судя по корню, предки носителей фамилии не принадлежали к высшим сословиям — скорее, это были крестьяне или посадские люди, получившие прозвище по внешним признакам или по месту жительства.

Редкость фамилии Дубакины (по сравнению с массовыми Дубовыми или Дубиниными) объясняется тем, что прозвище Дубака было менее распространено, чем, скажем, Дуб или Дубина. Это делает фамилию не просто родовым именем, а сохранившимся свидетельством местного говора и народной традиции именования.