Фамилия Дубинко образована от прозвища Дубинка. В основе — слово «дубинка» (небольшая толстая палка, которую использовали как оружие). Скорее всего, прозвище указывало на род занятий человека: например, сторожа, который ходил с дубинкой, или мастера, изготавливавшего такие палки.

Однако возможна и другая версия. До принятия христианства у славян был распространён обычай давать детям имена-обереги от названий растений и животных. В этом случае имя Дубинка могло восходить к слову «дуб» — дереву, которое у древних славян почиталось как символ мужской силы, мощи и твёрдости. Дуб считался священным деревом громовержца Перуна — отсюда и связь с образом могучего защитника. На Троицу дубы, как и другие деревья, обмазывали священным маслом — это был один из языческих обрядов, позже вплетённых в народную христианскую традицию.

Фамилия Дубинко — украинская по типу. Суффикс -ко характерен для восточнославянских фамилий, особенно распространённых на территории Украины. Он мог выполнять уменьшительную или фамильярную функцию, а со временем закрепился как фамильный. Таким образом, Дубинко — это «сын или потомок Дубинки». В украинской ономастике эта модель одна из самых продуктивных: достаточно вспомнить фамилии вроде Коваленко, Шевченко, Гриценко, где суффикс -енко указывает на происхождение. В случае Дубинко суффикс -ко выполняет ту же роль, но без промежуточного элемента -ен-.

Фамилия встречается в основном в западных и центральных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев в России и Беларуси. Встречаются варианты написания Дубиненко и Дубина — они образованы от той же основы, но с другими суффиксами, что говорит о разных ветвях одного родового древа.