Фамилия Дученко образована по распространённой восточнославянской модели: к основе прозвища Дуча добавили суффикс -енко, который в украинской и южнорусской традиции означал «сын» или «потомок». То есть Дученко — буквально «сын Дуки» или «маленький Дуча». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще фиксировали принадлежность главе семьи (чей?), форма на -енко изначально была более личной, патронимической, и закрепилась в основном на землях современной Украины и прилегающих областях России.

Само прозвище Дуча восходит к нарицательному «дуча». В украинских говорах это слово имело два основных значения: «яма, могила» и «отверстие в верхнем мельничном жернове». Первое значение указывает на род занятий — так могли назвать могильщика или, реже, человека, копавшего погреба и колодцы. Второе значение отсылает к мельничному делу: строителю или наладчику жерновов, который подгонял отверстие для подачи зерна. Вполне вероятно, что прозвище было не профессиональным, а топографическим: Дучой называли того, кто жил в низине, в яме или овраге — то есть в «дуче» как понижении рельефа.

Менее распространённая, но лингвистически возможная версия связывает прозвище с южнославянскими корнями, где «дуча» означает «душа». Однако для украинской и белорусской среды, где фамилия встречается чаще всего, эта гипотеза слаба: слово «дуча» в значении «душа» нехарактерно, а переход «ш» в «ч» в этом случае не объясняется местными диалектными законами.

Фамилия Дученко не относится к числу частых, но встречается в центральных и восточных областях Украины, а также в приграничных районах России. В дореволюционных источниках её носители фиксируются среди крестьян и казаков — сословий, где патронимические фамилии на -енко были особенно типичны. Дворянских родов с такой фамилией не известно, что говорит о её простонародном происхождении: прозвище Дуча, ставшее фамилией, закрепилось в среде, где профессиональные или бытовые прозвания легко вытесняли крестильные имена.