Оно ведет свое начало от диалектного нарицательного «дундук», которое в смоленских говорах имеет значение «коротыш, толстяк», а в некоторых других - «глупый человек». Вероятно, прозвище Дундук содержало указание либо на особенности внешности (полный невысокий человек), либо на черты характера и поведения предка (простоватый, недогадливый, наивный). Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Дундук лежит монгольское мужское имя Дондук, заимствованное из тибетского языка и в переводе означающее «осуществляющий все желания».