Фамилия Дундукова образована от прозвища Дундук. Оно происходит от диалектного слова «дундук», которое имеет значение «бестолковый человек». В олонецких говорах это существительное употреблялось также по отношению к толстому мужчине маленького роста. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Дундук, со временем получил фамилию Дундукова.