Фамилия Дундукова — женская форма фамилии Дундуков, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Дундук. В основе лежит диалектное слово «дундук», которое в русских говорах имело два основных значения. Первое, наиболее распространённое — «бестолковый, несообразительный человек», то есть прозвище могли дать тому, кто медленно соображал или отличался упрямством. Второе значение бытовало в олонецких говорах: там «дундуком» называли толстого мужчину невысокого роста. Это региональное употребление важно, потому что оно привязывает фамилию к северо-западу России — территории бывшей Олонецкой губернии (современная Карелия и частично Архангельская, Вологодская, Ленинградская области).

По словообразовательной модели фамилия типична для русского ономастикона: суффикс -ов (в женском варианте -ова) указывает на принадлежность — «из семьи Дундука». Интересно, что основа «дундук» не имеет однозначного тюркского или финно-угорского корня, хотя внешне напоминает заимствования. Скорее всего, это исконно русское диалектное слово звукоподражательного характера: «дун» — глухой, тяжёлый звук (ср. «дуть», «дунуть»), что косвенно подтверждает связь с тугодумством или грузностью.

В отличие от многих фамилий, образованных от личных имён (Иванов, Петров), Дундукова несёт в себе не имя, а прозвище по характеру или внешности. Это делает её «говорящей»: предок носителя фамилии, скорее всего, выделялся среди окружающих либо медлительностью ума, либо приземистой и полной фигурой. Социальный статус предков мог быть любым — от крестьянина до посадского человека, так как прозвища такого типа давали безотносительно к сословию.

Встречаемость фамилии невысока, что подтверждает её диалектную природу. По данным современных справочников, Дундуковы (и Дундуковы) фиксируются в основном в северных и центральных регионах России, а также среди казачества — например, в Области Войска Донского, куда прозвище могли принести переселенцы с севера. В дворянских родословных эта фамилия не отмечена, что лишний раз говорит о её народном, крестьянском или мещанском происхождении.

Ударение в фамилии традиционно падает на последний слог — Дундуко́ва, хотя в разговорной речи иногда смещается на второй слог под влиянием других фамилий на -уков. Правописание устойчиво: через «о» в суффиксе, без вариантов «Дундукева» или «Дундюкова».