Скорее всего, фамилия Дуненко восходит к женскому имени Авдотья – народному варианту имени Евдокия, которое в переводе с греческого означает «превосходная, милая». Однако не исключено, что фамилия Дуненко ведет свое начало от прозвища Дуня – так в старину называли дыню. Возможно, Дуней называли хозяина бахчи или того, кто продавал дыни на рынке. Следует отметить, что суффикс -енко может указывать на то, что фамилия Дуненко зародилась на Восточной Украине.