Фамилия Дурненков образована по классической русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Дурненков, то есть сын или потомок человека по прозвищу Дурненко. В основе лежит прозвище, а не крестильное имя, что характерно для многих «говорящих» фамилий.

Корень «дурн-» в русских говорах имел не только современное значение «плохой, глупый». В диалектах слово «дурной» могло означать «своенравный, упрямый, необщительный», а иногда и «одержимый, бесноватый» — в народной культуре так называли людей с необычным поведением, которое не укладывалось в норму. Прозвище Дурненко, скорее всего, давали не за умственную отсталость, а за резкий, неуживчивый характер или за странные, неожиданные поступки.

Суффикс -енк- в прозвище Дурненко — уменьшительно-уничижительный, характерный для украинского и южнорусского влияния. Он мог означать «маленький дурень» или «сын Дурня», но в фамилиях часто закреплял прозвище в такой форме, не неся буквального смысла. В итоге Дурненков — это «внук Дурненко», где исходное прозвище уже забылось.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью. Встречается в документах XVII–XVIII веков среди крестьян и однодворцев, особенно в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были не дворянами, а свободными или крепостными земледельцами, получившими фамилию по уличному прозвищу.

Интересно, что фамилия Дурненков не имеет отношения к слову «дурман» или каким-либо ремёслам — в отличие от, например, Дурново или Дурницын. Это чисто прозвищная фамилия, где негативный оттенок основы со временем стёрся, и она воспринимается как нейтральная. В современных справочниках её часто путают с Дурновым, но морфология разная: Дурнов — от прилагательного в краткой форме, а Дурненков — от прозвища с суффиксом.