Фамилия Дурненко образована по той же модели, что и множество других восточнославянских фамилий на -енко: это типичный украинский или белорусский суффикс, означающий «сын» или «потомок». Дурненко — буквально «сын Дурня». В основе фамилии лежит мирское имя Дурень (или Дурной). Такие имена-обереги были широко распространены в древности: родители нарекали ребёнка Дурнем, чтобы обмануть злых духов, — считалось, что «плохое» имя отведёт от мальчика беды и болезни, а сам он вырастет здоровым и красивым. Верили, что имя работает от противного.

Корень «дур-» в древнерусском языке имел более широкий спектр значений, чем сегодня: «плохой», «некрасивый», «глупый», но также и «слабой силы», «незрелый». Имя Дурень не было оскорблением — это был оберег, как имена Некрас, Нелюб, Немил. О популярности таких прозвищ говорит множество родственных фамилий: Дурнев, Дураков, Дурасов, Дураев, Дурнин, Дурнов, Дуров, Дурылин, Дурыгин, Дурындин, Дурышкин, Дурновцев, Дуринов и другие. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами и региональными особенностями.

Фамилия Дурненко, в отличие от большинства перечисленных, несёт на себе яркий отпечаток украинской антропонимической традиции. Если фамилии на -ов/-ев (-ёв), -ин чаще встречаются в великорусских землях, то Дурненко — типичная для Левобережной Украины, Поднепровья, а также южнорусских областей, граничащих с Украиной. В этой модели суффикс -енко указывает на патроним, то есть на происхождение от отца по имени Дурень. Со временем прозвище закрепилось и перестало осознаваться как обидное, превратившись в нейтральную фамилию.