Основой фамилии Дурненко послужило мирское имя Дурень (Дурной). Мирское имя Дурень (Дурной) имеет значение «дурной», «плохой», «некрасивый», «глупый». В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Дурнем (Дурным). О том, что именование Дурень и ему подобные были популярны в старину, свидетельствует довольно большое количество однокоренных русских фамилий: Дурнев, Дураков, Дурасов, Дураев, Дурнин, Дурнов, Дуров, Дурылин, Дурыгин, Дурындин, Дурышкин, Дурновцев, Дуринов и др. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Дурень (Дурной), со временем получил фамилию Дурненко.