Фамилия Дьяконица — редкий случай, когда прозвище, закреплённое в фамилии, прямо указывает на женский род. В основе лежит слово «дьяконица» — так в старину называли жену дьякона, то есть женщину, которая принадлежала к церковному сословию по мужу. В отличие от «дьякона» или «дьячка», где основа мужская, здесь сразу читается: речь идёт о женщине, а не о служителе церкви.

Словообразовательная модель необычна. Фамилия оформлена типичным для русского языка суффиксом -иц(а), который образует названия лиц женского пола (мастерица, певица). Но сама фамилия застыла в форме именительного падежа единственного числа, что для русских фамилий редкость. Обычно фамилии на -ица (например, Куница, Синица) имеют зоонимическое или прозвищное происхождение, а здесь — прямое указание на социальный статус. Скорее всего, фамилия давалась не самой женщине, а её детям: их называли по матери, чтобы отличить от других семей. Это характерно для регионов, где были распространены «материнские» прозвища — например, в северных и центральных губерниях России.

Вероятнее всего, фамилия возникла в среде, где церковный быт играл заметную роль. Дьяконица не могла быть крестьянкой в обычном смысле — её муж служил в храме, а значит, семья имела особое положение. Дети из такой семьи могли унаследовать прозвище, которое со временем закрепилось как фамилия. Встречается Дьяконица преимущественно в южнорусских и украинских областях, где форма «дьяконица» была распространена в бытовой речи.

С точки зрения ономастики, фамилия близка к таким же «женским» образованиям, как Попадья, Протопопова, Дьячиха. Но Дьяконица стоит особняком: она не перешла в форму притяжательного прилагательного (типа Дьяконов), а сохранила исходное существительное. Это говорит о том, что прозвище было дано в устной традиции и записано уже в позднее время, когда фамилии фиксировались по факту, а не по правилам дворянского словообразования.