Фамилия Джургенов — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любые другие версии. Её основа, «Джурген», с высокой вероятностью восходит к тюркскому антропониму, распространённому среди народов Северного Кавказа, Поволжья или Средней Азии. В этой среде имя «Джурген» (варианты: Джургун, Журген) могло означать «быстрый», «резвый», «проворный» — прозвище, данное человеку за подвижность или темперамент. Русский суффикс -ов, добавленный к основе, — стандартный способ русификации нерусских фамилий в XIX–XX веках, когда носители попадали в документы Российской империи.

Словообразовательная модель проста: тюркское личное имя или прозвище Джурген + патронимический суффикс -ов. Это значит, что фамилия образована по схеме «сын (или потомок) Джургена». В отличие от многих русских фамилий, где суффикс указывает на принадлежность к роду по отцу, здесь он играет роль адаптера: местные имена часто записывали в русских метриках и переписях именно с таким окончанием, не меняя корня.

Стоит рассмотреть и менее очевидный, но возможный вариант: фамилия могла возникнуть как топонимическая — от названия населённого пункта вроде Джурген или Джурга. Подобные имена встречаются в топонимике Крыма и Средней Азии. В таком случае предок получил фамилию по месту, откуда был родом или где жил. Однако для окончательного вывода нужны данные переписей или метрических книг, которые показывают концентрацию носителей. Публичных статистических сведений по фамилии Джургенов мало, но её редкость указывает на локальное, возможно, даже однородовое происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Джурганов, Джургунов) показывает, что все они — кальки с одной и той же тюркской основы, различающиеся лишь огласовкой или диалектным произношением. Никаких свидетельств о дворянском или крестьянском сословии конкретно для Джургеновых нет, что типично для поздних русифицированных фамилий: их носители могли быть и вольными поселенцами, и казаками, и крестьянами — сословная принадлежность в таких случаях индивидуальна.