Фамилия Екимковы — редкий случай, когда народное произношение напрямую закрепилось в официальном родовом имени. В основе лежит имя Екимко — просторечная форма канонического имени Иоаким. Церковное Иоаким в бытовой речи «екали»: вместо начального Ио- звучало Е-, так и появился Еким. Суффикс -к- в имени Екимко — уменьшительный, но в фамилии он уже не несёт ласкательного оттенка, а указывает на конкретного человека: Екимко, то есть Еким, сын Екима. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Екимк- добавили суффикс -ов, и получилось значение «чей?» — «Екимков», то есть принадлежащий потомку Екимко.

Древнееврейское имя Иоаким означает «прославленный богом», но через цепочку народных переделок в фамилии Екимковы это значение стёрлось. Для носителей фамилии важнее другое: она фиксирует живую разговорную традицию, где книжное имя подстраивалось под русскую фонетику. Подобная замена начального Ио- на Е- встречается и в других фамилиях: Егоров (от Георгий → Егорий), Ефимов (от Иоаким → Ефим), Елисеев (от Елисей). Екимковы стоят в том же ряду, но с дополнительным суффиксом -к-, который делает форму более конкретной и регионально окрашенной.

Точное место возникновения фамилии не установлено, но по модели образования и типу суффикса её можно отнести к северным и центральным русским землям, где «екающее» произношение было особенно устойчивым. В документах фамилия могла записываться по-разному: Екимков, Якимков, Акимков — в зависимости от диалекта писаря. Вариант Якимков отражает «якающее» произношение, характерное для южнорусских говоров, а Екимков — для среднерусских и северных.

Фамилия не относится к числу широко распространённых, но сохранила архаичную структуру, которая сегодня встречается редко. Она — не просто указание на предка по имени, а свидетельство того, как церковное имя проходило через народную языковую среду и закреплялось в фамильной традиции.