Фамилия Елатонцев — редкий пример, когда географическое название перешло в фамилию через прозвище жителя. В основе лежит топоним Елатьма — город в Касимовском районе Рязанской области на левом берегу Оки. Сначала человека, родом из Елатьмы, прозвали Елатонцем (по модели «москвич — москвитянин»), а затем его дети и внуки стали Елатонцевыми.

Сам топоним Елатьма финно-угорского происхождения: его возводят к марийскому слову «йулалтымс», что значит «сожженный, выжженный». Вероятно, так назвали место, где выжигали лес под пашню или селились на гари. При переходе в русский язык марийское слово изменилось до привычного слуху Елатьма, а от него образовалось прозвище Елатонец.

Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Елатонцев, то есть сын или потомок Елатонца. Это типичная патронимическая модель для центральной России, но с необычной основой-прозвищем. Большинство носителей фамилии, по данным переписей, до сих пор сосредоточены в Рязанской области и соседних регионах — там, где находится сама Елатьма.

Встречаются варианты написания Елатонцов и Елатонцев, но второй закрепился как литературный. Фамилия недвусмысленно указывает на малую родину предка — конкретный городок на Оке, а не на абстрактную местность.