Фамилия Елкин относится к числу древнейших русских фамилий, образованных от мирского имени. В основе лежит нецерковное имя Елка (или Ёлка), которое восходит к названию хвойного дерева — ели. Называя ребёнка Елкой, родители следовали древней славянской традиции «природных» имён: считалось, что дерево-тёзка передаст младенцу свои качества — стойкость, жизненную силу, а сама природа станет воспринимать ребёнка как своего. С этим связаны и поверья: по народным представлениям, дети лесных духов лежали в люльках, подвешенных на елях и соснах, а дети русалок — под елью.

Документы XVI–XVII веков подтверждают, что имя Елка было в ходу у разных сословий. В трудах историка С. Б. Веселовского упоминаются: Александр Андреевич Елка Кобылин, боярин второй половины XVI века; Елка Сергеев, подьячий великого князя (1514 год); Иван Александрович Елкин (1596 год, Белая). Эти записи показывают, что уже в XVI веке от имени Елка активно образовывалась фамилия Елкин.

Существует и другая версия, менее правдоподобная: что Елка — это уменьшительная форма крестильных имён Елисей (с древнееврейского — «спасённый Богом»), Елизар («Бог помог»), Елевферий (греч. «свободный») или Елпидифор («несущий надежду»). Однако против этой гипотезы говорит тот факт, что нецерковное имя Елка встречается в исторических источниках самостоятельно, задолго до того, как от него пошла фамилия, и имеет прямую связь с названием дерева, что типично для древнерусской традиции имён-оберегов.

Таким образом, прямое и наиболее достоверное объяснение фамилии Елкин — от мирского имени Елка (Ёлка), данного по названию ели. Потомок человека с таким именем и получил фамилию Елкин.