Фамилия Елкина (и её вариант Ёлкина) в основе своей имеет не церковное, а мирское имя — Елка или Ёлка. В древнерусской традиции такие имена были распространены: называя ребенка в честь дерева, родители верили, что природа примет его как своего и передаст ему свои качества. Ель в народных верованиях занимала особое место — считалось, что под ней растут дети русалок, а в ветвях сосен и елей качаются люльки лесных духов.

Менее убедительная версия связывает имя Елка с сокращением от крестильных имён — Елисей («спасенный Богом»), Елизар («Бог помог»), Елевферий («свободный») или Елпидифор («несущий надежду»). Однако в пользу первой гипотезы говорят исторические документы. Ономаст С. Б. Веселовский в своих работах упоминает реальных носителей этого имени: Александр Андреевич Елка Кобылин, боярин второй половины XVI века; Елка Сергеев, подьячий великого князя (1514 год); Иван Александрович Елкин (1596 год, Белая). Эти записи показывают, что имя Елка бытовало как полноценное, самостоятельное, а не как уменьшительная форма.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Елкин — это «сын Елки» или «человек из рода Елки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и мирских имён, оканчивающихся на гласный или -а. Таким образом, фамилия Елкина — это отчество второго порядка, закрепившееся за потомками человека по имени Елка.