Фамилия Еменгулов — редкий пример, где сразу бросается в глаза нерусская основа. Строение фамилии подсказывает тюркское происхождение: корень «Еменгул» и русский патронимический суффикс -ов, который означает «сын такого-то» или «принадлежащий ему». В русской среде такие фамилии обычно получали крещёные татары, башкиры или представители других тюркских народов, переходившие в православие.

Основа «Еменгул» — составное имя. Первая часть, «Емен» (или «Йемен»), в тюркских языках может означать «лекарство», «целительное средство» или восходить к арабскому имени с тем же корнем. Вторая часть, «гул», — это «раб» или «слуга» (арабское «гулам»). В составе личных имён «гул» часто указывает на религиозную принадлежность: «раб Аллаха» (например, Абдулгул). Получается, что Еменгул — это имя-пожелание, вроде «целительный раб (Божий)» или «лекарство от Бога». Такие имена были распространены среди мусульманских народов Поволжья и Приуралья.

Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области и Башкортостану — регионам, где веками жили башкиры, татары и казахи, а в XIX веке активно шла христианизация. Именно там у крещёных инородцев и появлялись фамилии на -ов, образованные от местных имён. Встречаются Еменгуловы и среди калмыков, хотя реже.

Словообразовательная модель проста: к личному имени Еменгул добавили русский суффикс принадлежности. Никаких дополнительных суффиксов вроде -ин или -ский здесь нет, что типично для фамилий, возникших в среде крещёных татар и башкир в XVIII–XIX веках. Носитель фамилии — потомок человека, которого в документах записали как Еменгула.

Спорных версий немного. Иногда «Емен» путают с тюркским «яман» — «плохой», но это ошибочно: в фамилии чётко слышен «е», а не «я». Кроме того, имя Ямангул тоже существует, но у него другое значение («плохой раб» — обережное имя). Еменгуловы к нему отношения не имеют.